Maria Nakeva nace en Sofia (Bulgaria) el 8 de diciembre de 1943. A los 9 años se inicia en el violonchelo tras asistir a un concierto de violonchelistas de alto nivel en la Academia Estatal de Sofia. Maria queda impresionada y convence a su padre para que le compre un violonchelo. Su madre, por su parte, le enseña el idioma inglés, que tantas puertas le abrirá en el futuro.
En el año 1953 empieza a recibir sus primeras clases con Vladimir Doichinov (1926-1994). El reconocido profesor Konstantin Popov (1904-1991), alumno de Julius Klengel (1859–1933), escucha a Maria en una audición privada y desde entonces pasa a ser su profesor.